מבוא לים התיכון
הים התיכון הוא אגן מים קטן יחסית, שטחו 2.5 מליון קמ"ר ועומקו הממוצע 1,500 מ'. הקשר בין הים התיכון עם גופי מים אחרים הוא דרך מיצר גיברלטר לאוקיינוס האטלנטי, דרך תעלת סואץ לים האדום ודרך מצרי הדרדנלים לים השחור. נהוג לחלק את הים התיכון לשני אגנים: מערבי ומזרחי, הגבול בין שני האגנים הוא מיצר מרסלה, שרוחבו 150 ק"מ ועומקו 300 מ' ומפריד בין דרום מערב סיציליה לצפון מזרח תוניסיה. מיצר גיברלטר, שרוחבו 14 ק"מ ועומקו 800 מטר משמש מעבר לכמויות מים אדירות, המשפיעות על ממשק המים של הים התיכון, על הזרמים בו ותכונות המים לאורך גרדיאנט מערב-מזרח. ככל שמתרחקים מן הגיברלטר מזרחה, עוצמת הזרמים נחלשת, ריכוז חומרי ההזנה (נוטריינטים) במים פוחת ועימו קטן הייצור הראשוני, הטמפרטורה עולה ואתה עולה רמת ההתאדות והמליחות. במסלולם הכללי של הזרמים בים התיכון שולט עיקרון סיבובי המנוגד לכוון השעון. תוך כדי תנועתם מזרחה, מתחממים מי האוקיאנוס ומואץ תהליך האידוי, המעלה את מליחות וצפיפות המים. ערכי השיא של המליחות מופיעים בחופי ישראל ולבנון, כאן נמדדות מליחויות מעל 39%, ערכים הקרובים לאלה שבצפון הים האדום. מידות חום המים נעות מ- 16ºC במרץ עד Cº30 באוגוסט.
עד אמצע תקופת המיוקן היה הים התיכון חלק מימת התטיס, באזור שרר אקלים חם והחי היה בעל אופי טרופי, שכלל שוניות אלמוגים. לקראת סוף המיוקן, בגלל ניתוק הים התיכון מן האוקיינוס האטלנטי ובגלל שינויים טקטוניים בקרקעיתו, פוצל ים זה לימים קטנים יותר וביצות. כל מקווה מים הופרד ממשנהו על ידי רכס הרים. תהליך זה גרם להכחדת רוב הפאונה המעורבת של מינים אטלנטיים ואינדו-פסיפיים. בסוף הפליאוקן נפתח מחדש הקשר עם האוקיינוס האטלנטי ויחד עם שטף המים, שחדר למזרח הים התיכון, חדרו בהדרגה גם בעלי חיים. לאחר עידן הקרח, בסוף תקופת הפליסטוקן,בשל תחלופת מים קטנה יחסית בין האגן המערבי והמזרחי עקב חסימה במיצר מרסלה, המצוי בין חופי סיציליה לחופי תוניסיה נכחד רוב החי הטרופי.
כיום מתוך 1,200 מיני בעלי חיים הרשומים בכל הים התיכון, מצויים במזרחו רק כ- 48% ובמערבו 92%, כנראה בגלל התנאים היותר קשים, השוררים במזרח הים התיכון בעיקר מבחינת זמינות חומרי מזון. העלייה המתמדת בצפיפות האוכלוסייה לכל אורך חופי הים התיכון במהלך 60 שנה האחרונות מלווה בעיור אינטנסיבי, התורם להגעת שפכי ביוב, פסולת חקלאית ופסולת תעשייתית לים. כריית חול והקמת מבנים ימיים כדוגמת שוברי גלים ומרינות לאורך החופים גורמים לבלייה חופית מתמדת והרס בתי גידול. בשנת 1869 בנה הברון לספס את תעלת סואץ על מנת לאפשר מעבר אוניות מהים האדום לים התיכון. פתיחת תעלת סואץ אפשרה חדירה של מינים ממוצא אינדו-פסיפי אל חופי צפון אפריקה ואגן הלבנט (חלקו המזרחי של האגן המזרחי של הים התיכון). חדירה זו, הנודעת בשם "הגירה לספסית", הנה המקור העיקרי לחדירת מינים פולשים לאגן המזרחי. כיום, קיימת בים התיכון חברת בעל חיים בה מצויים זה לצד זה מינים ים תיכוניים וים סופיים. מחקרים השוואתיים שנערכו בחופים הים-תיכוניים, הראו עלייה במספר המינים הפולשים מים סוף וירידה דרסטית במגוון ועושר מינים מקומיים לאורך חופי מזרח הים התיכון.
אורך רצועת החוף הים-תיכוני של ישראל הוא כ-190 ק"מ ורובה מאופיינת בחופים חוליים. יחד עם זאת במקומות לא מעטים ישנם איזורים סלעיים שמהווים סביבת חיים למגוון עצום של יצורים. אזורי הסלעים מספקים שפע של מקומות מסתור וגומחות מחייה – אצות נאחזות בפני הסלע החשוף לאור, סרטנים חודרים לסדקים ולחורים שבסלעים, תולעים שונות נחבאות מתחת לאבנים וגושי סלע וכו' וכו'. סוג הסלע המאפיין את האזורים הללו הלא הוא הכורכר ועליו שונית ביוגנית שנבנית משך עשרות אלפי שנים על ידי יצורים חיים.